Keilmuan dan kesadaran untuk melaksanakan ibadah bagi seorang muslim sangatlah penting. Oleh karena itu, MIS Nurul Falaq menyelenggarakan program yang berorientasi pada hal tersebut. Di antaranya Sholat Dhuha & Shalat Dzuhur berjama’ah yang dirangkai kultum, praktek manasik, hafalan doa harian. Selain itu, peserta didik dibiasakan mengikuti kegiatan pembacaan shalawat, istighasah, Maulid, serta bershadaqah.